تتكون أجهزة المجلس النقدي من مجلس إدارة وجهاز تنفيذي و مقره مدينة الرياض، حيث يتمتع مجلس الإدارة بالصلاحيات الكاملة لتحقيق الأغراض التي أنشئ المجلس النقدي من أجلها ومنها إصدار اللوائح والقرارات اللازمة لوضع أهداف ومهام المجلس النقدي موضع التنفيذ. أما الجهاز التنفيذي فيعد الجهاز الفني والمالي والإداري الذي يقوم بتنفيذ قرارات مجلس الإدارة وتوصياته المنبثقة عن اجتماعاته، وإعداد الدراسات الخاصة بالخطط والبرامج المتكاملة المتعلقة بأهداف ومهام المجلس النقدي. ويتكون الجهاز التنفيذي من الرئيس التنفيذي والأجهزة الفنية والمالية والإدارية اللازمة لأداء أعماله.
قام مجلس الإدارة على إثر دخول اتفاقية النظام الأساسي حيز النفاذ، بالتعاون مع أحد البيوت الاستشارية العالمية، بإعداد خطة شاملة لاستكمال البناء المؤسسي للمجلس النقدي الخليجي. وذلك سعياً لإرساء القواعد الأساسية اللازمة لعمل المجلس النقدي الخليجي والاضطلاع بمهامه الواردة في النظام الأساسي، إذ تعد عملية البناء المؤسسي للمجلس النقدي الخليجي الخطوة الأولى والضرورية من أجل تحقيق الأهداف الرئيسية، وفي هذا الخصوص شرع المجلس النقدي في تنفيذ عملية البناء المؤسسي من خلال اعتماد الهيكل التنظيمي والإداري ووضع الاختصاصات طبقاً لأهداف ومهام المجلس النقدي وذلك على النحو الآتي:
الأبحاث الاقتصادية والإحصاء:
تتمثل مهام واختصاصات إدارة الأبحاث الاقتصادية والإحصاء في المساهمة في تحقيق أهداف ومهام المجلس النقدي عن طريق عمل الدراسات اللازمة ورصد وتحليل التطورات الاقتصادية والنقدية، ودراسة توجهاتها المستقبلية وانعكاساتها على الاستقرار الاقتصادي والمالي ضمن الاتحاد النقدي. إلى جانب ذلك، وضع إجراءات وآليات مراقبة وتقييم معايير تقارب الأداء الاقتصادي بصفة دورية من أجل متابعة مدى استيفاء الدول الأعضاء بالتزاماتها تجاه الاتحاد النقدي. كما تقوم بمتابعة وتنسيق مختلف السياسات الاقتصادية والمالية بين الدول الأعضاء. إضافة لذلك، رفد صناع القرار بالبيانات والمعلومات وفقاً لمتطلبات واحتياجات دعم القرار الاقتصادي المشترك. كما تقوم ببناء وتطوير منظومة إحصائية موحدة ومتكاملة للوفاء بمتطلبات الاتحاد النقدي من خلال تفعيل الرصد المنتظم للبيانات الإحصائية وإعداد المؤشرات الاقتصادية وإجراء المقارنات الإحصائية المنتظمة، والعمل على توحيد المنهجية ودورية نشرها وفقاً للأسس والمعايير الاحصائية الدولية.
الشؤون القانونية:
تساهم الشؤون القانونية في تنفيذ الأهداف والمهام الرئيسية من خلال تحقيق التقارب التشريعي والقيام بمختلف الأعمال القانونية. تتمثل مهام واختصاصات إدارة الشؤون القانونية في مراجعة التشريعات الوطنية والمصرفية والعمل على وضع القواعد اللازمة بما يُحقق التقارب التشريعي بين الدول الأعضاء، وذلك من خلال التأكد من مدى ملائمة وانسجام التشريعات الوطنية مع أحكام اتفاقية الاتحاد النقدي. إلى جانب ذلك، تتولى إدارة الشؤون القانونية تنسيق التشريعات المصرفية والقواعد المشتركة في مجال الرقابة المصرفية لمؤسسات النقد والبنوك المركزية الوطنية. وكذلك إعداد الدراسات القانونية وإبداء الرأي عما يصدر في الدول الأعضاء من تشريعات ذات صلة بشأن تطبيق أحكام اتفاقية الاتحاد النقدي. كما تقوم بإعداد مشروعات اللوائح والقرارات الإدارية ومراجعة الصياغة القانونية لها، وتنظيم العقود والاتفاقيات التي يبرمها المجلس النقدي مع الجهات الخارجية، وتقديم المشورة في كافة الأعمال القانونية للإدارات المختلفة والجهات الخارجية.
الشؤون المالية:
تساهم الشؤون المالية في تنفيذ الأهداف والمهام الرئيسية من خلال تنظيم وإدارة الأعمال المحاسبية والمالية مع مختلف الإدارات إلى جانب التخطيط المالي والاستخدام الأمثل للموارد المتاحة وتوفير الدعم المالي لتسيير أعمال المجلس. تتمثل مهام واختصاصات إدارة الشؤون المالية في إعداد الميزانيات والحسابات الختامية للمجلس النقدي، وتقديم الإيضاحات اللازمة حولها. إضافة لذلك، تنفيذ الميزانية والخطط المالية بعد اعتمادها، ومتابعة تنفيذها وإعداد التقارير المالية اللازمة، والرد على ملاحظات مدققي الحسابات والمراجعين الخارجيين حول الحسابات الختامية والعمليات المالية للمجلس النقدي. كما تقوم الإدارة بتنفيذ وتسجيل كافة الأعمال المالية من ارتباطات وصرف للمستحقات وإمساك وتدقيق جميع السجلات ودفاتر العهد وفق اللوائح والأنظمة المالية المعتمدة.
تقنية المعلومات:
تساهم تقنية المعلومات في تنفيذ الأهداف والمهام الرئيسية من خلال تحديث وتطوير البنى التحتية لشبكة ونُظم تقنية المعلومات بالمجلس. تتمثل مهام واختصاصات إدارة تقنية المعلومات في توفير قاعدة بيانات ومعلومات شاملة، إلى جانب تقديم حلول متقدمة لتقنية المعلومات في النظام المالي والإداري من خلال توفير بيئة إلكترونية حديثة وآمنة لإنجاز أعمال المجلس. بالإضافة إلى تحقيق التطوير المكتبي بجميع ما يتعلق به من أجهزة الحاسوب ومستلزماتها والبرامج أو الأنظمة الإدارية والشبكات الداخلية ومُلحقاتها لضمان تحسين الأداء العمل وتوفير المعلومات والبيانات بسُرعة ودقة لتسهيل عمل مختلف الإدارات والمُساهمة في سُرعة إنجاز أعمال المجلس.
الموارد البشرية:
تساهم الموارد البشرية في تنفيذ الأهداف والمهام الرئيسية من خلال استكمال البناء المؤسسي للمجلس النقدي وتطوير الهيكل الوظيفي والإداري وتفعيل التنظيم الداخلي ورفع قدرات الموظفين لاستيعاب متطلبات المرحلة القادمة. وتتمثل مهام واختصاصات إدارة الموارد البشرية في توفير احتياجات مختلف الإدارات من التجهيزات الثابتة، والمحافظة عليها بالإضافة إلى توفير الخدمات اللازمة لتسيير وإنجاز أعمال المجلس. إضافة لذلك، تتولى الإدارة استقطاب وتوفير الموارد البشرية اللازمة لقيام المجلس النقدي بالمهام التي حددها النظام الأساس بكفاءة ومهارة عالية. كما تقوم الإدارة بتخطيط وتنسيق برامج التدريب، وتطبيق نظم وإجراءات العمل في المجلس النقدي وفق اللوائح والسياسات الداخلية. هذا، فضلاً عن دراسة احتياجات المجلس في مجالات الدعم الفني واستقطاب الخبراء والاستشاريين في هذا الخصوص، بالتعاون مع الجهات ذات العلاقة.